Церковь Николая Чудотворца на Пенье, также известная как Никола на Пенье или церковь Николо-Пенская, представляет собой небольшой одноглавый храм без столбов, расположенный в бывшей Толчковской слободе Ярославля на правом берегу реки Которосль. Она была построена прихожанами в 1689-1690 годах как тёплый храм Федоровского прихода. В советское время, вплоть до 1987 года, церковь служила кафедральным собором древней Ростовско-Ярославской епархии. Это единственный храм в старой части города, который не закрывался в советские годы, и один из семи сохранившихся в Ярославле допетровских храмов Николая Чудотворца. История деревянной Никольской церкви, построенной в 1660-е годы, описана в обработанной в XVIII веке "Повести о начале зачатия и поставлении первой древней церкви святого Николая Чудотворца, что на Пенье". В ней рассказывается о том, как и кем была построена церковь, а также о явлении иконы пресвятой Богородицы Одигитрии, Феодоровской, и о создании каменной церкви в её честь.

В 1659 году пожар в Толчковской слободе уничтожил деревянную Предтечевскую церковь. Новый каменный храм строился долго, так как должен был превзойти все другие церкви Ярославля по размерам и красоте отделки. Жители восточной окраины слободы не стали ждать завершения строительства и получили от митрополита Ионы Сысоевича разрешение на возведение деревянного храма во имя Николая Чудотворца. Кожевенник Гурий Кочуров предоставил для строительства двор своего должника. Местность была очищена от леса, после чего осталось много пней, от которых церковь и получила своё название, Пенская.

В 1681-1687 годах южнее Николо-Пенской церкви прихожане строили холодную Фёдоровскую церковь. После её освящения они обратились к митрополиту с просьбой заменить деревянную церковь Николая каменной. Новая каменная церковь была освящена 30 ноября 1691 года и сохранилась до наших дней. Как было принято в Ярославле, зимняя церковь была построена в виде небольшого одноглавого храма трапезного типа с простым оформлением. Над четвериком возвышается стройный шатёр колокольни, прорезанный рядами слухов. В конце XVII века прихожане Еремины оснастили колокольню звонами, которые пополнялись при закрытии и сносе храмов в XX веке. В 1890 году купец С.А. Черногородов устроил с северо-восточной стороны придел Сергия Радонежского, над которым была построена Никольская часовня с отдельным входом. Придел выполнен в неорусском стиле, плохо сочетающемся с архитектурой четверика, однако крыльцо повторяет очертания традиционных для Ярославля шатровых притворов. Нынешний иконостас придела был перевезён в 1958 году из разрушенного Варницкого монастыря. В 1999 году был построен крестильный храм равноапостольного князя Владимира в кирпичном корпусе на западной границе церковного двора, выделяющийся куполом с главкой. На территории Фёдоровского подворья находятся могилы Архиепископа Михея Хархарова и Митрополита Иоанна Вендланда.