Кирпичная церковь, посвященная великомученику Никите, была построена в 1695 году в стиле московского барокко. Изначально она служила домовой церковью для богатой купеческой семьи Мещаниновых из старой Коломны. Основателем этого рода был Демид Мещанинов, который, вероятно, и инициировал строительство храма.

В XVIII веке колокольню перестроили, добавив закрытую паперть, и расширили северный придел. В 1858 и 1860 годах в теплой трапезной части заменили сводчатые перекрытия, чтобы создать второй южный придел. Внешний облик здания изменился с барочного на поздний ампир. Никитский храм представляет собой одноглавое, бесстолпное сооружение в виде высокого двусветного четверика с сомкнутым сводом. В нем два придела: в честь апостола Иакова, брата Господня, и святителя Митрофана Воронежского. На стенах и сводах сохранились росписи 1830 года с последующими обновлениями.

В семье священника этой церкви П.М. Никитского в 1824 году родился сын Никита, ставший философом, публицистом и издателем. В Коломенском Духовном училище он получил фамилию Гиляров, а за успехи в Московской семинарии и Духовной Академии ему добавили Платонов, как стипендиату митрополита Платона.

В храме хранились святыни, включая чудотворную Иерусалимскую икону Божией Матери, крест и Владимирскую икону, принадлежавшую князю Дмитрию Пожарскому и, по преданию, сопровождавшую его в походах. Также здесь находились мощи многих святых.

В округе великомученик Никита почитался как покровитель младенцев, и за «Никитской» святой водой для исцеления детей приходили со всего города.

В советское время храм был разрушен и разграблен. Первая Литургия в вновь открытой церкви состоялась 28 сентября 2001 года в день памяти великомученика Никиты. В 2002 году в приделе апостола Иакова установили иконостас, созданный коломенским художником Андреем Гавриловым. Большое внимание уделяется церковному хору. При храме работают воскресная школа и летний православный городской лагерь.