12 ноября 2008 года епископ Иваново-Вознесенский и Кинешемский Иосиф заложил в Золотниковской пустыни деревянный храм в честь святителя Митрофана Воронежского. Уже 4 апреля 2010 года, в день Пасхи, в этом храме состоялась первая Божественная литургия.

Еще до завершения строительства храм стал духовным центром обители. 20 августа 2010 года, в день обретения мощей святителя Митрофана Воронежского, в храме прошло торжественное богослужение. На нем присутствовали священнослужители Иваново-Вознесенской и Кинешемской епархии, а также паломники из Иванова, Тулы, Москвы и Саратова. Был совершен крестный ход. Год спустя, 20 августа 2011 года, храм был освящен.

В храм продолжали приезжать духовные пастыри для проведения соборных богослужений. 20 августа 2012 года в храме святителя Митрофана Воронежского епископы Шуйский и Тейковский Никон и Кинешемский и Палехский Иларион совершили Божественную литургию и крестный ход.

В 2012 году обитель имела статус прихода, а с 2013 года стала подворьем Николо-Шартомского мужского монастыря. Епископ Шуйской епархии Никон лично следит за восстановлением древней обители.

14 ноября 2013 года Золотниковскую пустынь посетили митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий и епископ Острогожский Андрей. Они помолились в храме, совершили славление и передали обители частицу мощей святителя Митрофана. 16 ноября 2013 года эта святыня была помещена в икону святителя в храме.

Монастырь также оказывает поддержку близлежащим деревням и их храмам. 7 июля 2010 года, в день Рождества Иоанна Крестителя, в храме села Сидоровского прошла Божественная литургия и крестный ход. Службу возглавил игумен Иларион Кайгородцев, а пел братский хор Николо-Шартомского монастыря. На празднике присутствовали жители села и многочисленные гости.