В 1888 году на месте старой деревянной церкви начали строительство нового трехпрестольного храма. К 1896 году, благодаря усилиям и пожертвованиям прихожан и благотворителей, в Михайловском, Шарлык, был возведен величественный каменный храм с тремя престолами, колокольней и оградой. Самый большой колокол весил 366 пудов и использовался в праздники, при пожарах, для сбора жителей и в ненастную погоду для путников. Язык колокола весил 17 пудов. Главный престол был освящен в честь святого Архангела Михаила 13 октября 1896 года, правый престол, в честь святителя Николая Чудотворца 26 октября 1898 года, а левый, в честь святого князя Александра Невского 21 мая 1901 года. Стоимость строительства храма составила около 70 000 рублей, а иконостас обошелся в 12 000 рублей. В 1909 году, по инициативе церковного совета, созданного старшим священником о. А. Полотебновым, храм был расписан художником Дмитриевым из Оренбурга за 5 100 рублей.

В 1932 году храм был закрыт, кресты сняты, колокольня и купол разрушены, а здание переоборудовано под клуб.

В 1993 году здание храма было возвращено церкви. На момент передачи оно находилось в аварийном состоянии и долгое время не ремонтировалось. В марте 1993 года двери вновь открылись для прихожан, и на Пасху в храме Михаила Архангела состоялась первая служба, которую провел схиархимандрит Серафим Томин, приехавший из Оренбурга. Это событие стало радостью для верующих и всех жителей Шарлыка.