Im Jahr 1888 begann man anstelle der alten Holzkirche mit dem Bau eines neuen dreischiffigen Tempels. Bis 1896 wurde dank der Bemühungen und Spenden der Gemeindemitglieder und Wohltäter in Michailowskoje, Scharlyk, eine majestätische Steinkirche mit drei Altären, einem Glockenturm und einer Umfriedung errichtet. Die größte Glocke wog 366 Pud und wurde an Feiertagen, bei Bränden, zur Versammlung der Einwohner und bei schlechtem Wetter für Reisende verwendet. Die Zunge der Glocke wog 17 Pud. Der Hauptaltar wurde am 13. Oktober 1896 zu Ehren des heiligen Erzengels Michael geweiht, der rechte Altar zu Ehren des heiligen Nikolaus von Myra am 26. Oktober 1898 und der linke Altar zu Ehren des heiligen Fürsten Alexander Newski am 21. Mai 1901. Die Baukosten der Kirche betrugen etwa 70.000 Rubel, und der Ikonostase kostete 12.000 Rubel. Im Jahr 1909 wurde auf Initiative des Kirchenrates, der vom älteren Priester P. A. Polotebnov gegründet wurde, die Kirche von dem Künstler Dmitriev aus Orenburg für 5.100 Rubel ausgemalt.

Im Jahr 1932 wurde die Kirche geschlossen, die Kreuze abgenommen, der Glockenturm und die Kuppel zerstört, und das Gebäude wurde in einen Klub umgebaut.

Im Jahr 1993 wurde das Gebäude der Kirche an die Gemeinde zurückgegeben. Zum Zeitpunkt der Übergabe befand es sich in einem notdürftigen Zustand und wurde lange Zeit nicht repariert. Im März 1993 öffneten sich die Türen erneut für die Gläubigen, und an Ostern fand der erste Gottesdienst in der Kirche des Erzengels Michael statt, geleitet von dem schemamonk Serafim Tomin, der aus Orenburg kam. Dieses Ereignis wurde zur Freude der Gläubigen und aller Einwohner von Scharlyk.