Приход в селе Малая Пурга Малопургинской волости Сарапульского уезда был основан в 1858 году по указу Святейшего Синода. Изначально богослужения проводились в молитвенном доме. К концу 1860 года в селе возвели первый деревянный храм с двумя главами, освященный в честь Архистратига Михаила.

В 1902 году на месте старой деревянной церкви построили каменный храм с одним престолом. Первый камень был заложен в 1897 году, но строительство шло с большими перерывами из-за бедственного положения прихожан и пустой церковной казны. Настоятель отец Михаил был вынужден покинуть приход и перейти в село Дебесы. В 1898 году его сменил Иоанн Васильев, который владел удмуртским языком. Он организовал производство кирпича с использованием яичного белка и желтка в качестве связующего. Строительство поддержали пожертвования елабужских купцов И. Г. Стахеева и Ф. П. Гирбасова. К июню 1902 года храм был завершен и освящен 3 января в честь Михаила Архангела. После Иоанна настоятелем стал Александр Нагорный, выпускник Вятской духовной семинарии.

Храм стал украшением села, его архитектура и ограда были выполнены в новом стиле. Внешние стены украшали орнаменты и художественная кладка. Были установлены два больших и десять маленьких колоколов, главный из которых весил 36 пудов и был слышен на шесть верст.

С 1917 года, с приходом Советской власти, церковь подвергалась гонениям, а прихожане и церковный причт, репрессиям. Михаило-Архангельская церковь дважды закрывалась: в марте 1930 года, когда храм был разгромлен, иконостас разрушен, а иконы разбиты, и в июне 1938 года, когда здание передали под кузницу, а затем под магазин.

С 1990 года церковь начала возрождаться. Построенная на окраине, она оказалась в центре села. В 1998 году первым настоятелем стал отец Анатолий из Москвы, который восстановил паперть и колокольню, а также купол с семью главами. Были приобретены необходимые принадлежности для богослужений и создан многоголосный хор.

В 2008 году для помощи в ремонте и благоустройстве территории был создан Попечительский совет храма Михаила Архангела в селе Малая Пурга при главе муниципального образования «Малопургинский район».