Собор во имя преподобного Макария был построен в 1670 году и освящен в 1671 году при игумене Никите, который предшествовал святителю и чудотворцу Митрофану, первому епископу Воронежскому. Митрофан был настоятелем этой обители с 1675 по 1682 годы. В 1824 году к церкви были пристроены два придела на месте трапезной, посвященные Богоотцам Иоакиму и Анне, а также Архистратигу Михаилу и прочим бесплотным силам. Строительство Макарьевского собора сопровождалось обретением нетленных мощей преподобного отца Макария спустя 227 лет после его кончины.