Храм в честь преподобного Макария Желтоводского расположен к северу от Троицкого собора, на месте бывшего придела соборного храма, освящённого в его имя. Его строительство велось в 1808-1809 годах, в период, когда монастырь ещё процветал. Тогда мало кто мог предположить, что спустя менее десяти лет, с переносом ярмарки из Макарьева в Нижний Новгород, монастырь начнёт приходить в упадок.

Макарьевский храм был задуман для долгого и благополучного будущего. Он выполнен в классическом стиле с элементами "столичной" изысканности. Особое внимание привлекает колоннада тосканского ордера, соединяющая храм с Троицким собором. Фасады церкви с западной и северной сторон украшены четырёхколонными портиками, а основной объём завершается широким барабаном с мощным куполом. В конце 1920-х годов храм был закрыт новой властью, вскоре после закрытия монастыря в 1927 году. С августа 1943 года по 23 ноября 1988 года здание арендовал Лысковский зооветеринарный техникум.

Только в 1992 году здание храма, как и другие храмы обители, было передано Русской Православной Церкви. Реставрацией и восстановлением росписей в 2005-2006 годах занимался владимирский художник и иконописец Владимир Иванович Некрасов. В начале августа 2008 года Макарьев Желтоводский женский монастырь посетил Президент Российской Федерации Дмитрий Медведев. Во время визита он осмотрел монастырь, побывал в Макарьевском храме и Троицком соборе, а также приложился к мощам преподобного Макария Желтоводского и Унженского.