Село Субботино начало строиться в 1845 году у выхода реки Шушь из горной системы Саян. Первые поселенцы прибыли сюда из деревни Рухново Вятской губернии: Домнины, Огородниковы, Федосимовы и другие. На сельском собрании было решено построить деревянную церковь за счёт общественных средств и усилиями сельчан. Каждая семья должна была привезти из тайги 4-5 брёвен и отработать на строительстве церкви не менее недели.

В 1864 году церковь была окончательно построена, установлены колокола, и образован приход во имя Казанской иконы Божией Матери. 21 июля её освятил Преосвященный Никодим, Епископ Енисейский и Красноярский.

В 1907 году было решено построить новую кирпичную церковь рядом с деревянной, так как старая не вмещала всех прихожан из окрестных деревень. Строительство велось наёмной бригадой специалистов, а участие принимали все семьи по очереди. Церковь была построена быстро, и уже в 1909 году подняли колокола.

Новая церковь стала одной из красивейших на юге Енисейской губернии. Деревянную церковь разобрали и перевезли в село Шунеры, где она служила прихожанам, пока не сгорела в пожаре. В 1936 году кирпичная церковь была разрушена, имущество вывезено, а в здании разместили сельский клуб и библиотеку. В 1968 году церковь использовали как склад для травяной муки, а затем она была заброшена. Попытки разобрать её для использования кирпича не увенчались успехом, и здание превратили в сарай для скота.

С началом перестройки в 1990 году в Субботино, как и по всей стране, началось возрождение христианства. Учителя-пенсионеры и жители-энтузиасты, такие как Елена Ивановна Домнина и другие, решили восстановить церковь и возродить веру. В 1990 году на сельском собрании было принято решение о реставрации храма. К 4 ноября 1997 года, к празднику Казанской иконы Божией Матери, завершили внутренние отделочные работы, а летом 1998 года начались наружные.

12 октября 1998 года храм посетил епископ Красноярский и Енисейский Антоний. Он оценил вклад сельчан в восстановление церкви и пожелал успешного завершения работ. После восстановления колокольни колокола были торжественно освящены и подняты. Сейчас в храме в честь Казанской иконы Божией Матери продолжаются богослужения.