Первые упоминания о церкви в Архидиаконском погосте встречаются в патриарших окладных книгах, где под 1628 годом записано: "церковь архидьякона Стефана в вотчине боярина князя Федора Ивановича Мстиславского и княгини Ирины в Ярополченской волости на Клязьме на берегу".

Таким образом, в начале XVII века церковь уже существовала, но сведений о её более раннем существовании нет.

Из храмозданной грамоты, выданной в 1754 году епископом Владимирским Платоном, известно, что до 1719 года в погосте находились две деревянные церкви: в честь Казанской иконы Божией Матери с приделом во имя архидиакона Стефана и тёплая церковь во имя святого Николая Чудотворца. Вероятно, Казанская церковь была построена позже той, что упоминается в 1628 году.

В 1719 году Казанская церковь сгорела, и богослужения до 1744 года проводились в ветхой Никольской церкви. В 1742 году была построена новая деревянная церковь во имя архидиакона Стефана. В 1754 году обе церкви сгорели от удара молнии.

В период с 1754 по 1758 годы был заново построен деревянный храм в честь Казанской иконы Божией Матери с приделом во имя архидиакона Стефана. Этот храм сохранился до наших дней, но в 1805 году придельный престол был переименован во имя святого пророка Илии.