Церковь в честь Казанской иконы Божией Матери в селе Маргуши была построена в 1855 году. В ней было три престола: в честь Казанской иконы Божией Матери, святителя Николая Чудотворца и Гермогена, Патриарха Московского и Всея Руси.

Последним настоятелем Казанской церкви был Василий Михайлович Троицкий. В октябре 1937 года его арестовали по обвинению в антисоветской агитации, а 15 декабря того же года Тройка НКВД приговорила его к высшей мере наказания. 22 декабря 1937 года он был расстрелян. Вместе с ним был казнён житель села Маргуши Алексей Фёдорович Самарин, агроном Таможниковской МТС.

Храм был разрушен и сейчас не функционирует.