Деревянный храм в честь Казанской иконы Божией Матери был возведен в 1913 году по типовому проекту, аналогичному тем, что использовались в сёлах Трубетчино, Ново-Еремкино и Байдеряково. По данным на тот же год, в селе Малячкино проживало 890 мужчин и 851 женщина чувашской национальности в 303 дворах. В 1919 году, в ходе подавления «чапанного» восстания, у храма были расстреляны 17 человек. С 1916 года в селе служил отец Михаил Данилов, погибший зимой 1929 года и похороненный на местном кладбище.

Храм закрыли в 1936 году по решению Крайисполкома от 4 апреля. В архивах ФСБ сохранились данные о репрессированных жителях села, пострадавших за веру. Среди них священник Иван Михайлович Самаркин, расстрелянный в 1938 году в Сызрани, и председатель церковного совета Павел Леонтьевич Антонов, приговоренный к 10 годам в концлагерях. Также известны имена расстрелянных членов церковного совета: Егор Абрамович Данилов, Никита Андреевич Захаров, Ермил Иванович Харитонов и монахиня Дарья Никитьевна Ерофеева. Трофим Никитович Данилов и Ксения Афанасьевна Яранова также были осуждены на 10 лет в концлагерях.

После закрытия церкви в Малячкино привезли кирпичи и иконы из храма в райцентре Шигоны, часть которых жители спрятали у себя дома. После этого люди ездили на службы в Сызрань, молились дома при закрытых окнах и собирались тайно, как первые христиане.

Восстановление храма началось в 1990 году по благословению епископа Куйбышевского и Сызранского Евсевия Саввина. В 1991 году настоятелем Казанской церкви стал иерей Димитрий Бабак, ныне протоиерей, который служит здесь уже более 25 лет. Благодаря его усилиям храм был восстановлен, а также открыта воскресная школа.