Каменная церковь, построенная в 1824 году, была однопрестольной и очень тесной. С увеличением числа прихожан стало очевидно, что ее необходимо расширить. В 1855 году, благодаря усилиям священника Александра Каликинского и прихожан, Бердинский храм был расширен, и в нем появились два придела: южный во имя Архангела Михаила и северный во имя святителя Николая. Правый придел был оборудован на средства, пожертвованные чиновником Матвеем Степановичем Лобовым, и освящен благочинным протоиереем А.К. Шильновым. В 1859 году Богородицкая церковь Бердской станицы вошла в состав новой Оренбургской епархии. В 1900 году казак Иван Егорович Долинин завещал 500 рублей на приобретение необходимых вещей для освящения престола во имя святителя Николая. Осенью 1907 года в "Оренбургских Епархиальных Ведомостях" был опубликован репортаж об освящении Николаевского придела Казанско-Богородицкой церкви в Бердском поселке.

В декабре 1929 года в Оренбурге начались требования запретить колокольный звон, так как он мешал отдыху трудящихся, а колокола предлагалось переплавить на машины и тракторы. Однако не везде спешили выполнять эти решения. Осенью 1931 года в "Оренбургской коммуне" появилась заметка с возмущением: "Поселок Берды Оренбургского района коллективизирован на 97 процентов, но колокольный звон все еще слышен. Колхоз 'Ленинский луч' нуждается в зернохранилище, и церковь можно использовать для этого. Берды также нуждаются в культурном центре, и в здании церкви можно организовать кинотеатр". Власти неоднократно пытались закрыть храм во имя Казанской иконы Божией Матери в селе Берды, и 5 апреля 1935 года это было сделано по постановлению президиума Оренбургского облисполкома. После жалобы верующих в Москву, решением Президиума ВЦИК от 10 сентября 1937 года, постановление было отменено с формулировкой: "Церковь оставить в пользование верующих ввиду недостаточной массовой работы вокруг закрытия церкви и отсутствия точных данных об использовании здания после закрытия". Однако местные власти, исправив недочеты, снова закрыли храм, найдя ему применение. В 1930-е годы церковь была превращена в зернохранилище колхоза "Ленинский луч", а в военные годы там разместился завод № 404. После войны в бывшем храме содержались пленные немцы. По воспоминаниям старожилов, церковь была окружена колючей проволокой, а по углам стояли наблюдательные вышки с прожекторами. Позже здание отдали под мастерские ФЗО. В 1960-е годы, когда помещение стало лишним, его решили взорвать. После нескольких взрывов, заглушивших причитания старушек, храм был уничтожен. На его месте сейчас находятся школа и памятник Пушкину.

4 июня 2005 года рядом с прежним местом был заложен первый камень нового шестнадцатиметрового храма во имя Казанской иконы Божией Матери. От старого храма осталось только название и несколько икон, которые начали приносить жители Берд, когда решили возродить традиции. Иконы временно хранились в маленьком вагончике на территории храма. Среди них был фрагмент с алтаря царских врат, образ "Всех скорбящих радости", "Иосиф писнопеец и Александр Невский". Этим иконам более века. 21 декабря 2006 года состоялось освящение и установка купола на заново построенный храм. В росписи храма принял участие бывший вице-губернатор Оренбургской области Михаил Коннов, который выступил не только как меценат реконструкции, но и участвовал в росписи. Группа молодых одаренных художников, отобранных Конновым, также работала над росписью. Чин освящения основания храма совершил митрополит Оренбургский и Бузулукский Валентин в сослужении секретаря епархии иерея Евгения Сироткина.