Die steinerne Kirche, die 1824 erbaut wurde, war einschiffig und sehr eng. Mit der Zunahme der Gemeindemitglieder wurde offensichtlich, dass sie erweitert werden musste. 1855 wurde die Berdy-Kirche dank der Bemühungen von Priester Alexander Kalikinsky und der Gemeindemitglieder erweitert, und es entstanden zwei Kapellen: die südliche im Namen des Erzengels Michael und die nördliche im Namen des heiligen Nikolaus. Die rechte Kapelle wurde mit Mitteln ausgestattet, die von dem Beamten Matvey Stepanovich Lobov gespendet wurden, und wurde vom Dekan Protopriester A.K. Shilnov geweiht. 1859 trat die Gottesmutterkirche der Berdy-Stanitz in die neue Orenburger Diözese ein. Im Jahr 1900 vermachte der Kosake Ivan Egorovich Dolinin 500 Rubel für den Erwerb der notwendigen Dinge zur Weihe des Altars im Namen des heiligen Nikolaus. Im Herbst 1907 wurde in den "Orenburger Diözesan-Nachrichten" ein Bericht über die Weihe der Nikolauskapelle der Kazan-Gottesmutterkirche im Berdy-Dorf veröffentlicht.

Im Dezember 1929 begannen in Orenburg die Forderungen, das Glockenläuten zu verbieten, da es die Ruhe der Arbeiter störte, und die Glocken sollten zu Maschinen und Traktoren umgeschmolzen werden. Doch nicht überall beeilte man sich, diese Entscheidungen umzusetzen. Im Herbst 1931 erschien in der "Orenburger Kommune" ein Artikel mit Empörung: "Das Dorf Berdy im Orenburger Bezirk ist zu 97 Prozent kollektiviert, aber das Glockenläuten ist immer noch zu hören. Der Kolchos 'Leninischer Strahl' benötigt ein Getreidelager, und die Kirche könnte dafür genutzt werden. Berdy braucht auch ein Kulturzentrum, und im Gebäude der Kirche könnte ein Kino eingerichtet werden." Die Behörden versuchten mehrfach, die Kirche im Namen der Kazan-Ikone der Gottesmutter im Dorf Berdy zu schließen, und am 5. April 1935 wurde dies durch einen Beschluss des Präsidiums des Orenburger Oblastkomitees durchgeführt. Nach einer Beschwerde von Gläubigen in Moskau wurde der Beschluss am 10. September 1937 durch einen Beschluss des Präsidiums des WCIK mit der Formulierung aufgehoben: "Die Kirche bleibt im Gebrauch der Gläubigen aufgrund unzureichender Massenarbeit zur Schließung der Kirche und fehlender genauer Daten zur Nutzung des Gebäudes nach der Schließung." Doch die lokalen Behörden schlossen die Kirche erneut, nachdem sie die Mängel behoben hatten. In den 1930er Jahren wurde die Kirche in ein Getreidelager des Kolchos 'Leninischer Strahl' umgewandelt, und in den Kriegsjahren wurde dort das Werk Nr. 404 untergebracht. Nach dem Krieg wurden in der ehemaligen Kirche deutsche Kriegsgefangene untergebracht. Nach den Erinnerungen der alten Bewohner war die Kirche von Stacheldraht umgeben, und an den Ecken standen Wachtürme mit Scheinwerfern. Später wurde das Gebäude für Werkstätten der FZO genutzt. In den 1960er Jahren, als der Raum überflüssig wurde, beschloss man, ihn zu sprengen. Nach mehreren Explosionen, die das Wehklagen der alten Frauen übertönten, wurde die Kirche zerstört. An ihrer Stelle befinden sich jetzt eine Schule und ein Denkmal für Puschkin.

Am 4. Juni 2005 wurde neben dem ehemaligen Standort der erste Stein einer neuen sechzehn Meter hohen Kirche im Namen der Kazan-Ikone der Gottesmutter gelegt. Von der alten Kirche blieb nur der Name und einige Ikonen übrig, die die Bewohner von Berdy brachten, als sie beschlossen, die Traditionen wiederzubeleben. Die Ikonen wurden vorübergehend in einem kleinen Waggon auf dem Gelände der Kirche aufbewahrt. Unter ihnen war ein Fragment vom Altar der königlichen Tore, das Bild "Freude aller Trauernden", "Josef der Sänger und Alexander Newski". Diese Ikonen sind über ein Jahrhundert alt. Am 21. Dezember 2006 fand die Weihe und die Aufstellung der Kuppel auf der neu erbauten Kirche statt. An der Ausmalung der Kirche nahm der ehemalige Vizegouverneur der Orenburger Region, Mikhail Konnov, teil, der nicht nur als Mäzen der Rekonstruktion auftrat, sondern auch an der Ausmalung mitwirkte. Eine Gruppe junger talentierter Künstler, die von Konnov ausgewählt wurden, arbeitete ebenfalls an der Ausmalung. Der Weiheakt des Fundaments der Kirche wurde von dem Metropoliten von Orenburg und Buzuluk, Valentin, in Gemeinschaft mit dem Sekretär der Diözese, Priester Evgeny Sirotkin, vollzogen.