На месте возрожденной церкви когда-то стоял собор, возведенный в 1857-1868 годах по проекту известного петербургского архитектора Г. А. Боссе. Это был каменный пятиглавый храм с тремя престолами, посвященный Казанской иконе Божией Матери, с четырехъярусной колокольней над папертью. Освящение собора состоялось 9 сентября 1868 года архиепископом Вятским Аполлосом Беляевым. Приделы были освящены в честь Иоанна Предтечи и святой Параскевы Пятницы.

В 1918 году монастырь официально закрыли. Община Казанско-Богородицкой церкви в 1928-1929 годах неоднократно обращалась в Елабужский горсовет с просьбой вернуть храм, но в 1930 году собор Казанской иконы Божией Матери был разрушен.

31 октября 2012 года произошло значительное событие в жизни возрожденного монастыря: митрополит Казанский и Татарстанский Анастасий торжественно освятил вновь отстроенный главный храм обители, посвященный Казанской иконе Божией Матери.