Каменный храм, посвященный святителю Иоанну Златоустому, был заложен в селе Долгие 29 августа 1893 года благодаря средствам прихожан. В июле 1903 года святой праведный отец Иоанн Кронштадтский пожертвовал 100 рублей на строительство. Работы были завершены в 1903 году, а освящение церкви состоялось 10 ноября того же года. Один из участников освящения описывал храм как «великолепный, просторный, светлый, с изящной живописью и обстановкой, которая, хотя и недорогая, но вполне приличная».

Изначально храм был приписан к Христорождественской церкви села Частоозерье, священник и псаломщик которой проживали в селе Долгие. В 1890 году прихожане построили дом для псаломщика, а в 1903 году, удобный, теплый и просторный дом из шести комнат для священника. Оба дома были деревянными, находились на церковной земле и принадлежали церкви.

В 1909 году при храме был установлен собственный штат причта, состоящий из священника и псаломщика. В 1913 году вокруг церкви была возведена ограда.

В 1935 году Президиум Челябинского облисполкома решил снять колокола с церкви, которая не функционировала три года. Колокола передали областной конторе «Металлолом», а в помещении храма разместили колхозный клуб. В результате советского управления храм пришел в аварийное состояние, остались только нижние стены.

В 2018 году восстановление храма начал депутат Государственной Думы Российской Федерации VII созыва Александр Владимирович Ильтяков. Вскоре полуразрушенное здание, утратившее черты православного храма, обрело благолепный вид.

12 февраля, в день памяти трех великих вселенских учителей и святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого, село Долгие посетил митрополит Курганский и Белозерский Иосиф. Он совершил чин великого освящения храма и провел первую Божественную Литургию в вновь освященном храме.