26 марта 1907 года Харьковская Духовная Консистория получила от епархиального архитектора В.Н. Покровского проект и смету на строительство новой каменной церкви в селе Гнилица. Проект предусматривал вместимость храма от 600 до 650 человек и был разработан с акцентом на прочность и пожаробезопасность. Дерево использовалось только для крыш, а потолки, полы и своды предполагалось сделать из несгораемых материалов. Фундаменты планировались из камня с известковым раствором, а цемент должен был защищать стены от сырости. Цоколь снаружи предполагалось облицевать камнем, а стены, возвести из кирпича. Полы должны были быть из терракотовых плиток, а окна, с железными переплетами. Внутри церкви предусматривались желобки для сбора воды с окон. Крыши планировалось покрыть железом, а над притвором под колокольней разместить хоры на 50 человек. Церковь имела три входа для прихожан и один в алтарь через пономарку. На втором этаже при хорах предусматривалась кладовка для церковных принадлежностей.

19 июня 1908 года проект был утвержден Духовной Консисторией, а 12 июля того же года, Строительным отделением Губернского правления. 2 августа 1909 года состоялось освящение места для закладки храма в честь Рождества Иоанна Предтечи, и строительство началось. В декабре 1912 года сельское общество обратилось к архиепископу Арсению с просьбой о помощи в завершении внутренней отделки церкви. В апреле 1913 года В.Н. Покровский осмотрел церковь и подтвердил, что она построена правильно и прочно, и препятствий для ее освящения нет. Летом 1913 года церковь была освящена архиепископом Арсением.

По этому же проекту была построена церковь в Белополье, которая действует и сегодня. Часть средств на строительство церкви в Гнилице предоставил местный помещик И.И. Кирьян. Здание церкви выполнено из красного кирпича местного производства с клеймом владельца завода. Проект церкви, найденный в архивах, дает представление о ее первоначальном виде: колокольня, трапезная, центральная часть с одной главой, алтарь, ризница и пономарня. Церковь имела четыре входа, главный из которых украшен двустворчатыми дверями и рельефными крестами. Звонница завершалась ребристым куполом с луковичной главкой. Центральная часть имела квадратную форму с восьмигранным световым барабаном и декоративной главкой.

Церковь выполнена в неорусском стиле с элементами неовизантийского и украинского народного зодчества. Она представляет собой пример сочетания русского зодчества XVII века и украинской архитектуры. В настоящее время здание церкви сильно пострадало: утрачены колокольня и купол, интерьер нарушен из-за использования здания как склада. Церковь нуждается в реставрации.