El 26 de marzo de 1907, la Consistoría Espiritual de Járkov recibió del arquitecto diocesano V.N. Pokrovsky el proyecto y el presupuesto para la construcción de una nueva iglesia de piedra en el pueblo de Gnilitsa. El proyecto preveía una capacidad del templo de entre 600 y 650 personas y fue desarrollado con énfasis en la solidez y la seguridad contra incendios. La madera se utilizó solo para los techos, mientras que los techos, pisos y bóvedas se planeaban hacer de materiales incombustibles. Los cimientos se planearon de piedra con mortero de cal, y el cemento debía proteger las paredes de la humedad. Se preveía revestir el sótano exteriormente con piedra, y las paredes se levantarían de ladrillo. Los pisos debían ser de baldosas de terracota, y las ventanas, con rejas de hierro. En el interior de la iglesia se preveían canales para recoger el agua de las ventanas. Se planeaba cubrir los techos con hierro, y sobre el vestíbulo bajo el campanario se colocarían coros para 50 personas. La iglesia tenía tres entradas para los feligreses y una al altar a través de la sacristía. En el segundo piso, junto a los coros, se preveía un almacén para los utensilios de la iglesia.

El 19 de junio de 1908, el proyecto fue aprobado por la Consistoría Espiritual, y el 12 de julio del mismo año, por la Sección de Construcción de la Administración Provincial. El 2 de agosto de 1909 se realizó la consagración del lugar para la colocación del templo en honor al Nacimiento de San Juan Bautista, y comenzó la construcción. En diciembre de 1912, la comunidad rural se dirigió al arzobispo Arsenio pidiendo ayuda para completar el acabado interior de la iglesia. En abril de 1913, V.N. Pokrovsky inspeccionó la iglesia y confirmó que estaba construida correctamente y sólidamente, y que no había obstáculos para su consagración. En el verano de 1913, la iglesia fue consagrada por el arzobispo Arsenio.

Con el mismo proyecto se construyó la iglesia en Belopolye, que aún está en funcionamiento. Parte de los fondos para la construcción de la iglesia en Gnilitsa fue proporcionada por el terrateniente local I.I. Kiryán. El edificio de la iglesia está hecho de ladrillo rojo de producción local con el sello del propietario de la fábrica. El proyecto de la iglesia, encontrado en los archivos, da una idea de su aspecto original: campanario, comedor, parte central con una cúpula, altar, sacristía y sacristía. La iglesia tenía cuatro entradas, siendo la principal adornada con puertas de dos hojas y cruces en relieve. La campanario terminaba con una cúpula acanalada y una pequeña cúpula en forma de cebolla. La parte central tenía forma cuadrada con un tambor de luz octogonal y una cúpula decorativa.

La iglesia está realizada en estilo neorruso con elementos de arquitectura neobizantina y popular ucraniana. Representa un ejemplo de la combinación de la arquitectura rusa del siglo XVII y la arquitectura ucraniana. En la actualidad, el edificio de la iglesia ha sufrido gravemente: se han perdido el campanario y la cúpula, y el interior ha sido alterado debido al uso del edificio como almacén. La iglesia necesita restauración.