Церковь Иоанна Лествичника, построенная в 1572 году на средства сыновей Ивана Грозного, царевичей Ивана и Федора, имеет главный престол и придел, освященные в честь святых Иоанна Лествичника и Федора Стратилата. Храм выделяется своим внешним видом и нарядным убранством. Кубическая форма здания, разделенная пилястрами на три части, завершается полукруглыми закомарами. В XVIII веке была добавлена четырехскатная крыша, скрывшая два яруса кокошников, которые раньше служили переходом к световому барабану главы. Сдвиг барабана к восточной стороне придает композиции легкую асимметрию, усиливавшуюся ранее малой главой на юго-восточном углу. Такое двуглавие редко встречается в древнерусском зодчестве, хотя в Кириллове и Ферапонтове оно довольно распространено. Вход в церковь расположен с западной стороны через крытую паперть, соединенную с нижним этажом лестницей в южной стене. Первоначально паперть имела открытые арочные проемы, которые позже были заменены окнами, но пилястры от аркады сохранились. На паперть ведет красивый портал с колонками, украшенными дыньками и килевидным верхом.

Интерьер церкви также уникален. Коробовые своды с арками, поддерживающими барабан главы, опираются на четыре столба. Восточные столбы традиционные, четырехгранные, объединенные стенкой, отделяющей алтарь, а западные, круглые, оформленные как колонны с базами и капителями. Пяты сводов отмечены карнизами-импостами. Западная часть среднего нефа перекрыта крестовыми сводами, что является примером «итальянизмов», привнесенных на Русь иностранными зодчими при Иване III и Василии III. Апсида церкви низкая и прямоугольная, характерная для надвратных и трапезных церквей XVI века, с нишами-аркосолиями и каменной скамьей вдоль стен. В юго-восточном углу находится придел Федора Стратилата с прямоугольной алтарной частью и четырехъярусным иконостасом, в котором сохранились иконы XVI-XVII веков. Две иконы, не вошедшие в тябла, размещены на стенах. Особо выделяются царские врата XVI-XVII веков с резьбой в виде плетеного узора, отражающего народное северное узорочье.