Храм в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского был основан в 1996 году и изначально функционировал как домовая церковь в здании Православного молодежного центра "Ковчег". По благословению Архиепископа Костромского и Галичского Александра рядом с этим центром началось строительство нового храма. В 2001 году был заложен первый камень церкви, посвященной святому праведному Иоанну Кронштадтскому и святителю Амвросию Медиоланскому. За год возвели стены нижнего храма и подготовили котлован для колокольни. В 2002 году строящуюся церковь посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, который подарил храму икону святителя Амвросия Медиоланского и освятил колокола. В период с 2002 по 2005 годы были построены стены храма и колокольни, а также выполнена наружная отделка. 25 декабря 2005 года состоялось малое освящение верхнего храма в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского, и Архиепископ Костромской и Галичский Александр провел первую Литургию в сослужении городского духовенства. Зимой и весной 2006 года, несмотря на сложные условия, продолжались богослужения и внутренняя отделка. В 2007 году началось возведение иконостаса и создание икон. В 2008 году был построен балкон для хора, установлен иконостас в верхнем храме и началась отделка алтаря. В настоящее время ведутся работы по внутренней отделке нижнего храма во имя святителя Амвросия Медиоланского и благоустройству территории вокруг храма.