Малая церковь Выксы, известная как храм Иоанна Богослова, была построена благодаря усилиям братьев Баташёвых в конце XVIII века и освящена в 1799 году. Первоначально храм служил кладбищенским и не имел собственного прихода, будучи приписанным к Христорождественской церкви. У него отсутствовала трапезная, а колокольня была одноярусной. Со временем, когда храм перестал вмещать всех прихожан, между ним и колокольней была построена трапезная. Шарообразную главку заменили на луковичную, а фасады украсили кокошниками. После перестройки 1857 года храм приобрёл форму корабля. Позже с южной стороны появился каменный пристрой с двускатной крышей. В конце 1930-х годов власти решили проложить через кладбище дорогу, закрыть церковь и организовать в её здании пионерский клуб. Верующие попытались защитить храм, написав письмо Сталину. По словам очевидцев, Сталин был удивлён количеством подписей и выразил сожаление по поводу большого числа верующих. Однако в 1936 году храм всё же закрыли, а его имущество в 1937 году перенесли в "Большую" церковь. Средств на клуб не хватило, и 13 января представители властей забрали ключи у церковного совета, а 15 января сорвали купола и кресты, оставив церковь открытой. Вандалы осквернили храм, а позже строители снесли ярус звона колокольни, прорубили новые окна и оборудовали второй этаж. Готические проёмы стали прямоугольными, росписи, кроме купола, были утрачены. Вместо южного пристроя появился новый, северный, из силикатного кирпича, но чугунная винтовая лестница сохранилась. В здании устроили детский сад. К концу 1980-х от кладбища, где были похоронены многие известные жители Выксы, включая Ивана Родионовича Баташёва, не осталось и следа, а на его месте появилась игровая площадка. В начале 1990-х в храм был назначен первый после осквернения настоятель, священник Димитрий Колоколов. В 1994 году началось восстановление Богословского храма, который получил статус архитектурного памятника республиканского значения. Храм постепенно обретал прежний вид: восстанавливались окна, реставрировались фрески. В августе 2016 года состоялось торжественное водружение каркаса главного звена колокольни, а также главки и креста храма.

В 2012 году, 27 октября, за алтарём был освящён памятный крест в честь основателя города и Выксунских заводов Ивана Баташёва, а также мастеров, похороненных на этом месте, включая управляющего заводами М. П. Горностаева и главного механика М. Т. Попова. Место для памятника выбрано не случайно: около 200 лет назад здесь стоял бронзовый бюст Ивана Баташёва, отлитый на Сноведском заводе. Освящение памятника провёл епископ Варнава, глава Выксунской епархии. Церковь Иоанна Богослова представляет собой интересный образец классицизма с элементами неоготики, это крестообразное в плане однокупольное здание с трапезной и колокольней, пристроенными в 1857 году.