Die kleine Kirche von Vyksa, bekannt als die Kirche des Heiligen Johannes, wurde dank der Bemühungen der Brüder Batašev im späten 18. Jahrhundert erbaut und 1799 geweiht. Ursprünglich diente die Kirche als Friedhofskirche und hatte keine eigene Gemeinde, da sie der Christgeburt-Kirche zugeordnet war. Es gab keinen Speisesaal, und der Glockenturm war einstöckig. Im Laufe der Zeit, als die Kirche nicht mehr alle Gläubigen fassen konnte, wurde zwischen ihr und dem Glockenturm ein Speisesaal gebaut. Die kugelförmige Kuppel wurde durch eine Zwiebelkuppel ersetzt, und die Fassaden wurden mit Kokoschniks geschmückt. Nach dem Umbau im Jahr 1857 erhielt die Kirche die Form eines Schiffes. Später wurde auf der Südseite ein Anbau aus Stein mit einem Satteldach errichtet. Ende der 1930er Jahre beschlossen die Behörden, eine Straße durch den Friedhof zu bauen, die Kirche zu schließen und in ihrem Gebäude einen Pionierclub zu organisieren. Die Gläubigen versuchten, die Kirche zu schützen, indem sie einen Brief an Stalin schrieben. Zeugenberichten zufolge war Stalin von der Anzahl der Unterschriften überrascht und äußerte Bedauern über die große Zahl der Gläubigen. Dennoch wurde die Kirche 1936 geschlossen, und ihr Eigentum wurde 1937 in die "Große" Kirche verlegt. Es fehlte an Mitteln für den Club, und am 13. Januar nahmen Vertreter der Behörden dem Kirchenrat die Schlüssel ab, und am 15. Januar wurden die Kuppeln und Kreuze abgerissen, wodurch die Kirche offen blieb. Vandalen schändeten die Kirche, und später rissen Bauarbeiter die Glockenstube des Glockenturms ab, schnitten neue Fenster und richteten das zweite Stockwerk ein. Die gotischen Öffnungen wurden rechteckig, die Malereien, außer der Kuppel, gingen verloren. Anstelle des südlichen Anbaus entstand ein neuer, nördlicher aus Silikatziegeln, aber die gusseiserne Wendeltreppe blieb erhalten. Im Gebäude wurde ein Kindergarten eingerichtet. Ende der 1980er Jahre war von dem Friedhof, auf dem viele bekannte Bürger von Vyksa, einschließlich Ivan Rodionovič Batašev, beigesetzt waren, nichts mehr übrig, und an seiner Stelle entstand ein Spielplatz. Anfang der 1990er Jahre wurde der erste nach der Schändung der Kirche, Priester Dmitrij Kolokolov, eingesetzt. 1994 begann die Restaurierung der Kirche des Heiligen Johannes, die den Status eines architektonischen Denkmals von republikanischer Bedeutung erhielt. Die Kirche gewann allmählich ihr früheres Aussehen zurück: Fenster wurden wiederhergestellt, Fresken restauriert. Im August 2016 fand die feierliche Errichtung des Rahmens des Hauptteils des Glockenturms sowie der Kuppel und des Kreuzes der Kirche statt.

Am 27. Oktober 2012 wurde hinter dem Altar ein Gedenkkreuz zu Ehren des Gründers der Stadt und der Vyksa-Werke, Ivan Batašev, sowie der hier beigesetzten Meister, einschließlich des Werksleiters M. P. Gornostajev und des Hauptmechanikers M. T. Popov, geweiht. Der Ort für das Denkmal wurde nicht zufällig gewählt: Vor etwa 200 Jahren stand hier ein bronzene Büste von Ivan Batašev, die im Snovedski-Werk gegossen wurde. Die Weihe des Denkmals wurde von Bischof Varnawe, dem Leiter der Vyksa-Eparchie, durchgeführt. Die Kirche des Heiligen Johannes stellt ein interessantes Beispiel für den Klassizismus mit Elementen der Neugotik dar, es handelt sich um ein kreuzförmiges, einschiffiges Gebäude mit Speisesaal und Glockenturm, die 1857 angebaut wurden.