Церковь Иоанна Богослова впервые упоминается в документах начала XVIII века и расположена за Тверскими воротами Белого города, в районе Бронников. Эта приходская церковь известна с XV века и была центром слободы, где жили мастера, изготавливавшие оружие. В 1570 году сюда были переселены иностранные мастера сабельного дела по указу Ивана Грозного.

Деревянный храм существовал с 1605 года, а в 1615 году царь Михаил Федорович подарил ему икону Иоанна Богослова. Каменная церковь, заменившая деревянную, была построена в 1665 году, хотя работы могли начаться в 1652 году.

В середине XVII века церковная территория занимала 25 на 25 саженей и включала дворы церковнослужителей. На востоке примыкал двор Петра Бедрина, изображенный на плане Москвы 1768 года. В конце 1670-х годов здесь появилось новое кладбище и богадельня для 100 нищих.

Церковь состояла из двухсветного четверика с пятиглавием и трехчастным алтарем. В 1694 году был построен Никольский придел. В XVIII веке территория церкви оставалась неизменной, и в 1740-х годах была построена новая колокольня. После чумы 1771 года кладбище было упразднено, а его территория перешла князю И. А. Вяземскому.

В 1812 году церковь пострадала от пожара, но была восстановлена в 1814 году. В 1836 году был устроен придел во имя Митрофана Воронежского. В 1842 году церковь обновил митрополит Филарет. Архитектура церкви оставалась неизменной, за исключением пристроек к колокольне.

В начале XX века церковные владения приносили доход, часть зданий сдавалась в аренду. В 1933 году храм закрыли, здание передали театру, а его архитектура была частично разрушена. Икона Иоанна Богослова теперь находится в храме Воскресения Словущего, а местонахождение иконы Божией Матери «Умиление» неизвестно.

До 1960 года в храме было общежитие, затем мастерские театра. В здании были сделаны большие проемы для декораций, а также устроен гараж. Реставрация началась в 1956 году, но активные работы по колокольне начались в 1973 году. В 1993 году здание вернули Русской православной церкви. Реставрация продолжается, планируется восстановление ограды и освобождение территории. Храм находится на территории археологического памятника Бронной слободы.