Город Саки известен как бальнеологический курорт, куда приезжали многие в надежде на исцеление с помощью местных грязей. В 1861 году для духовной поддержки при лечебнице была построена небольшая каменная церковь. Идея создания храма принадлежала святителю Иннокентию Борисову, епископу Херсонскому и Таврическому. В 1853 году Херсонская духовная консистория предложила проект церкви при Сакском соляном озере, разработанный епархиальным архитектором, но он был отклонён. Взамен Синод предложил свой проект стоимостью 8,000 рублей серебром, который был одобрен 13 декабря 1856 года. Однако, из-за войны планы изменились, и в 1857 году архиепископ Иннокентий сообщил, что строительство остановилось, так как больничное заведение, ради которого планировалась церковь, было разрушено. После его смерти в 1857 году, в 1861 году на средства купца Петра Третьякова была построена небольшая церковь во имя святого пророка Илии. Она обслуживала Саки и семь окрестных деревень с 1679 прихожанами. Первым священником был Роман Сулима, а диаконом Павел Михайловский. У церкви не было колокольни, и колокола висели низко, что затрудняло их слышимость. В 1891 году было решено построить новую трёхъярусную колокольню по проекту архитектора Амбарцума Карапетова. В 1902 году началось строительство нового здания церкви, соответствующего колокольне. Проект разработал Хрисанф Васильев, который гармонично объединил колокольню с новым храмом. 2 октября 1903 года церковь была освящена. Однако в 1929 году по решению властей церковь была закрыта и переоборудована под клуб. В 1930 году прихожане попытались защитить храм, но он всё же был превращён в клуб. В 1941 году, во время немецкой оккупации, церковь вновь открылась и оставалась единственным действующим храмом в районе. В 1952 году посещаемость церкви была значительной, особенно в праздники. В 1947 году храм посетил святитель Лука Крымский. Несмотря на попытки властей, богослужения в храме продолжались. С 1960 по 1985 год настоятелем был Сергий Скоробацкий, затем Валерий Цуркан до 2014 года, а с 2014 года настоятелем является Иоанн Пристинский. С 1991 года началось восстановление храма, в ходе которого были восстановлены купола, росписи стен, иконостас и установлен колокол "Благовест". Для удобства больных предусмотрен въезд в храм.