Храм Илии Пророка в его нынешнем виде был построен в 1745 году. О предыдущем здании храма сведений не сохранилось. Существующий храм был возведен "тщанием прихожан", как указано в клировой ведомости, но, без сомнения, при значительной поддержке бояр Салтыковых. На это указывают размеры храма и иконостаса, а также богатство сохранившихся украшений. Вероятность этого предположения усиливается тем, что от Салтыковых в Кубенском храме хранится множество ценных даров из церковной утвари, свидетельствующих об их щедрости и заботе о храме.

Храм каменный, одноэтажный, с одним престолом и тремя входами с западной, северной и южной сторон. Каждый вход имеет две двери: стеклянные и железные, решетчатые. С востока выступает полукруглый алтарь, с запада, входное крыльцо, открытое, без дверей, на карнизе которого изображена Пресвятая Троица. Крыша храма четырехскатная, до 1803 года была покрыта тесом, а затем, на средства крестьянина Димитрия Кулагина, заменена на железную. На крыше расположены пять круглых фонарей с большими главами, обитыми белым железом. Эти работы также были выполнены в 1803 году на средства Кулагина. Кресты на главах деревянные, обшиты листовым железом и выполнены в нынешнем виде в 1889 году. Длина храма от входных дверей до горнего места составляет 13 сажен, ширина, 6 сажен. Окна расположены в два яруса: внизу по три окна на каждой стороне, вверху по два, на задней стене четыре окна, в алтаре три окна, в фонаре четыре узких продолговатых окна. Стены храма, кроме зубчатого карниза, не имеют украшений. На западной стене установлена каменная плита с надписью о времени постройки церкви: "Построися сия церковь и освятися во имя Святого Славнаго Пророка Божия Илии, лета Господня 1745-го июля в 19 день". На южной стене две аналогичные плиты, свидетельствующие о захоронении двух богатых крестьян Ваненьских. Надписи выполнены вязью и хорошо сохранились. В 1897 году храм был окрашен в светло-желтый цвет, крыши, в зеленый, а главы, в светло-голубой.

1 мая 2019 года настоятель храма Святой Троицы, иерей Николай Попугаев, провел первый молебен в храме Илии Пророка. Это было первое богослужение в храме за последние 90 лет. Верующие жители села Кубенское прошли крестным ходом от Троицкой церкви до храма Илии Пророка. Отец Николай поздравил всех с Пасхой, поблагодарил всех, кто участвовал в подготовке алтарной части храма к первому богослужению, и особо отметил труды прихожанина Андрея Лабутина, вручив ему благодарственное письмо и икону Святой Троицы. Жителям села предстоит еще много работы по восстановлению святыни.