Согласно писцовой книге 1676 года, деревня Фолинское, также известная как Филинское, входила в состав прихода Кубовского Погоста и насчитывала два крестьянских двора. Кубовский Погост существовал уже в начале XVII века. В писцовых книгах 1629-1639 годов упоминается ветхая деревянная церковь во имя пророка Ильи, построенная на средства священника. Также была возведена новая церковь во имя святого пророка Ильи с приделом во имя преподобного Сергия Радонежского, построенная прихожанами. При церкви служили священник Федор, дьякон, пономарь и просвирня.

В описаниях приходов за 1896 год указано, что в Погосте Кубово функционировала церковно-приходская школа с 53 учащимися. В селе Черновском была земская школа с 17 учениками. В период с 1896 по 1918 годы в Кубовском приходе служил священник Николай Лавров, а псаломщиками были Федор Пакатов, Александр Чижов и Херсонский; дьяконами, Александр Капацинский и Лев Касторский.

В 1930-е годы в селе Кубово Вачского района Нижегородской области проживал священник Троицкой церкви Павел Александрович Лебедев. Он был арестован 12 апреля 1932 года, 28 июля 1932 года приговорён к трём годам исправительно-трудовых лагерей и умер в заключении 19 августа 1933 года.

Деревянный храм во имя Живоначальной Троицы был разобран. В годы Советской власти селения Черновсое, Шишкино, Юсупово и Филинское отошли к Вачскому району.

Сегодня село Филинское является административным центром муниципального образования «сельское поселение Филинский сельсовет». Большую помощь в строительстве нового каменного храма в честь святого пророка Ильи с приделом преподобного Сергия Радонежского оказало ОАО «Нижегородский машиностроительный завод».

В период с 2000 по 2010 годы была построена каменная церковь, и в 2010 году состоялось первое богослужение. 13 декабря 2013 года епископ Выксунский и Павловский Владыка Варнава совершил великое освящение храма во имя Святого Пророка Илии. 17 октября 2014 года был освящён боковой придел в честь преподобного Сергия Радонежского.