После завоевания Казани Иваном Грозным местные деревни начали передаваться служилым людям, включая мордовских старшин и татарских мурз. Одному из таких мурз, Беговату, достались две деревни, которые стали называться Беговатово и Малое Беговатово, Анучино. Около 1620 года в Беговатове была возведена деревянная церковь во имя Флора и Лавра, и деревня получила статус села.

В XVIII веке в селе появились помещики Алексеевы, потомки Степана Даниловича Алексеева-Лучинина, участника русско-польской войны 1654, 1667 годов. Его внук, Иван Антонович Алексеев, статский советник, служил консулом в Бордо, Франция, при Петре I. Петр Александрович Алексеев, внук Ивана Антоновича, родился в 1776 году и был арзамасским уездным предводителем. Считается, что в 1812 году он занимался сбором и вооружением ополчения для войны с Наполеоном. Предполагается, что именно он построил в Беговатове каменную церковь в 1796 году и украсил село прудами. Первым священником в церкви был Дмитрий Георгиевский. Пруды вырыли крепостные крестьяне. Ф.П. Алексеев скончался в Беговатове и был похоронен возле церкви с восточной стороны от алтаря на расстоянии не более 10 метров. Надгробный памятник до наших дней не сохранился.