Церковь небольшая и напоминает об утраченной архитектурной композиции, которая когда-то включала два храма, ограду, Святые ворота, часовни и усыпальницы. Рядом находилась церковь Алексия Божьего человека, которая до наших дней не сохранилась. Она была построена у входа на старое городское кладбище в 1866 году на средства купцов Тимофея и Александра Чистовых, хотя в карточке указан 1860 год. Церковь представляет собой редкое для провинции направление неоренессанс, подобные здания можно встретить в Санкт-Петербурге. Имя архитектора неизвестно.

Скорбященская церковь была закрыта в 1929 году и лишилась глав, но сохранилась благодаря использованию под мастерские и архив. С 1971 года в здании находился Народный музей, а в 1990-х годах церковь вернули верующим. Сейчас храм действует, является приписной церковью к Успенскому собору, частично отреставрирован, а в 2009 году установлены новые купола. Также ведутся работы по благоустройству кладбища и возвращению сохранившихся надгробий, которые датируются XVIII веком. На надгробьях можно увидеть фамилии известных граждан старого Мышкина.

В настоящее время в храме регулярно проходят богослужения зимой, а летом они проводятся в Успенском соборе города Мышкина. Летние службы в храме включают заупокойные богослужения и требы.

6 ноября 2012 года, после Божественной литургии, которую провел епископ Рыбинский и Угличский Вениамин в храме в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в Мышкине, состоялось освящение кладбищенской часовни. Освящение провел епископ Вениамин. Часовня была построена благодаря усилиям главы Мышкинского района А. Г. Курицына, градоначальника Мышкина А. П. Лыткина, А. Н. Дугина, участницы Великой Отечественной войны А. И. Суворовой и других жертвователей.