Церковь иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» находится в центре Южного корпуса Юрьева монастыря, где в прошлом жили больные и пожилые монахи. За свою долгую историю монастырь неоднократно страдал от пожаров. Именно поэтому была построена церковь в честь иконы Божией Матери «Неопалимая Купина», которую почитают как защитницу от огня. Храм был заложен 4 сентября 1828 года и освящен 20 августа 1831 года. Его длина, ширина и высота до главы равны 10 метрам.

В начале 1990-х годов церковь была отремонтирована, и в ней возобновились богослужения. Сейчас она является основным местом для чтения братского правила и почитания образа Пресвятой Богородицы. Попасть в церковь можно только через коридор Южного корпуса, проходя мимо келий. В настоящее время храм используется для служб только в праздничные дни и для молебнов насельников.