Частые наводнения на реке Ангара причиняли значительный ущерб хозяйствам прихожан Троицкой церкви. Чтобы избежать подобных бедствий, прихожане решили построить при церкви храм в честь Святого Георгия Неокессарийского чудотворца. Деревянное здание храма было заложено 8 сентября 1802 года. Спустя несколько лет оно обветшало и стало непригодным для богослужений. Наводнения 1829-1830 годов особенно повредили здание, и губернский архитектор А.В. Васильев признал его "очень ветхим и склонным к скорому разрушению". Ремонт был невозможен, так как требовалось разобрать здание до основания, укрепить фундамент и построить его заново. С 23 августа 1836 года церковь была закрыта по распоряжению Духовной консистории. Однако староста Троицкой церкви Я.С. Малков собрал необходимые средства для ремонта, и в 1844 году храм был восстановлен. 4 июня 1845 года, в праздник сошествия Святого Духа, епископ Нил вновь освятил церковь Георгия Неокессарийского.

Однако уже в 1862 году в клировых ведомостях отмечалась необходимость значительного ремонта храма. Усилиями прихожанина Петра Степановича Ивельского началось строительство отдельного каменного здания храма во имя Георгия Неокессарийского, которое было завершено к середине 1863 года. 2 июня оно было освящено архиепископом Парфением и епископом Селенгинским Вениамином в сослужении трёх архимандритов. Переулок рядом с храмом стал называться Георгиевским. Это одно из сохранившихся, хотя и изменённых, строений по проекту известного иркутского архитектора А.И. Лосева, выполненное в стиле позднего классицизма и представляющее собой каменное ротондольное сооружение.

После пожара 1879 года, охватившего центральную часть города, церковь Георгия, епископа Неокессарийского, была полностью перестроена и переоборудована под богадельню. В конце XX века было принято решение о восстановлении храма, входящего в комплекс Троицкой церкви, по проекту иркутского архитектора А. Поликарпочкина.