В 1996 году была зарегистрирована община Спасо-Геннадиева монастыря. В 1997 году комитет по охране памятников истории и культуры Ярославской области передал ансамбль монастыря. В описании указано, что собор Спасо-Преображенский 1647 года, церковь Алексея 1751 года и колокольня 1715 года находятся в полуразрушенном состоянии. В монастыре был восстановлен колодец преподобного Геннадия глубиной 12 метров, над которым построен деревянный храм во имя святого преподобного Геннадия. Под этим храмом расположен целебный камень.