В Кадуйском районе было много церквей, однако в самом поселке Кадуй церкви никогда не существовало. Верующие жители поселка отправлялись в церковь в Череповце или собирались для богослужений в частной квартире. Отец Георгий Трубицин приезжал из Череповца, чтобы проводить службы. С увеличением числа верующих администрация поселка по их просьбе выделила комнату для богослужений в здании районного Дома культуры. В 1992 году там была проведена первая литургия.

В 1993 году состоялось организационное собрание, и Кадуйский приход получил название Богоявленский. 8 октября 1993 года был выделен участок земли для строительства приходской церкви. В 1994 году по просьбе прихожан было выделено помещение в районной библиотеке для обустройства молельной комнаты. В сентябре того же года был заложен закладной камень на месте будущего храма.

Строительство храма велось на пожертвования жителей поселка и средства, предоставленные районной администрацией. В октябре 1997 года состоялось малое освящение храма. Богослужения в новом храме начались в январе 1998 года, а в октябре того же года храм был освящен в честь Кадуйского святого преподобного Филиппа Ирапского. Храм построен по традиционной схеме церквей Русского Севера. После обретения мощей преподобного Филиппа Ирапского в 2000 году в храм торжественно перенесли частицу его мощей крестным ходом.