За время своего существования церковь неоднократно подвергалась значительным изменениям. В советский период в деревянной части здания, которая была вдвое длиннее, размещался детский интернат. В конце 1990-х годов наиболее ветхую часть разобрали, а основной объем из брёвен достроили вверх, придав сооружению церковные формы. Каменная алтарная часть с открытой галереей, отличающаяся удивительной архитектурой, сохранилась с XIX века. Таким образом, Елизаветинская церковь в поселке Великодворский сегодня, вероятно, единственная, сочетающая деревянные и кирпичные элементы.

Церковь является действующей и была вновь освящена в 2000 году. Ее купола можно увидеть с трассы Гусь-Хрустальный, Рязань при въезде в поселок Великодворский.