В "Летописи Серафимо-Дивеевского монастыря" описано пророчество преподобного Серафима Саровского, согласно которому приходская каменная церковь, возведённая в 1780 году матушкой Александрой в честь Казанской иконы Божией Матери, со временем станет частью монастыря, а для прихожан будет построен новый храм в другом месте. Это предсказание сбылось: бывшая приходская церковь в селе Дивеево стала Казанским собором Свято-Троицкого Серафимо-Дивеевского монастыря, а для мирян создаётся новый храм в честь преподобномученицы Елисаветы.

В 1988 году в Дивееве был зарегистрирован церковный приход, и для его нужд рядом со святым источником Казанской иконы Божией Матери приобрели деревянный домик. 22 апреля в этом доме архиепископ Горьковский и Арзамасский Николай освятил домовый храм в честь Казанской иконы Божией Матери. Однако вскоре после возрождения обители эта церковь также перешла в ведение Серафимо-Дивеевского монастыря. Местные жители долго добивались разрешения на строительство новой приходской церкви в Дивееве.

11 марта 2004 года в Дивееве была основана "Православная религиозная община во имя святой преподобномученицы Великой княгини Елисаветы". 17 марта 2004 года владыка Георгий подписал протокол учредительного собрания общины и утвердил её Устав. 7 мая 2004 года община была официально зарегистрирована в Нижегородском областном подразделении Министерства юстиции России. Храм решили строить на месте двух старых домов на пересечении улиц Юбилейной и Арзамасской. 18 июля 2004 года, в день памяти святой преподобномученицы Елисаветы, в доме №19 по улице Арзамасской был отслужен первый молебен с акафистом в честь небесной покровительницы будущего храма.

19 июня 2005 года епископ Нижегородский и Арзамасский Георгий заложил первый камень в основание нового храма, отслужил молебен и освятил заложенный камень. К зиме 2005 года строительство Елисаветинской церкви в основном завершилось. 10 декабря 2005 года епископ Георгий освятил купола и кресты приходского храма, а 14 декабря начался их монтаж. В процессе подготовки архитектурного проекта было решено обустроить ещё один придел во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова на месте предполагаемой трапезной, благодаря чему церковь стала двухпрестольной. 29 декабря 2007 года из Ярославля были доставлены колокола. 16 января 2008 года архиепископ Георгий совершил краткое молебствие на освящение колоколов. 8 марта 2008 года на колокольню Елисаветинской церкви подняли 12 колоколов, самый большой из которых, весом около 1900 килограммов, был изготовлен в Тутаеве Ярославской области. 11 августа 2008 года архиепископ Георгий освятил Престол в нижнем приделе храма в честь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. 26 февраля 2013 года в верхнем храме, который планируется освятить в честь преподобномученицы Елисаветы Феодоровны, начался монтаж иконостаса, изготовленного специалистами из московской артели "Ново-Симоновская". Иконы для иконостаса были написаны в иконописной мастерской Свято-Введенской Оптиной пустыни.