Бийский Архиерейский дом уже более ста лет является центральным сооружением архиерейского подворья. С 1883 по 1919 годы он играл ключевую роль в духовной жизни обширного региона, охватывающего северо-восточный Казахстан, Хакасию, Республику Алтай и часть Алтайского края. Здесь действовала Алтайская духовная миссия, которая поддерживала сотни храмов, приходских училищ, школ, монастырей и приютов.

Первоначальный двухэтажный архиерейский дом с мезонином был построен в 1880-1882 годах на средства бийских купцов и других благотворителей. Его освятил первый бийский епископ Владимир Петров. Однако в ночь на 22 мая 1886 года здание сгорело, уничтожив все имущество, библиотеку и архивы. Епископ Макарий успел спасти напрестольный крест, Антиминс и Евангелие.

Новый дом был построен в 1886-1888 годах на пожертвования жителей Бийска и других городов. Проект разработал архитектор Сергей Владиславлев. В 1888 году было освящено новое кирпичное здание, а 21 сентября того же года епископ Макарий Невский освятил церковь во имя святителя Димитрия Ростовского, расположенную на третьем этаже. В церкви хранилась икона святого великомученика Пантелеимона с частицей его мощей.

В начале XX века при доме работал книжный склад, где продавались иконы, богослужебные книги и учебники. Согласно данным 1910 года, комплекс включал 11 строений, в том числе Казанскую церковь и несколько жилых и хозяйственных зданий. Территория была обнесена изгородью с каменными воротами.

В 1920 году здание было национализировано и использовалось для различных нужд, включая размещение школ и эвакогоспиталя. В 2002 году здания были возвращены Русской православной церкви, началась их реставрация. В 2003 году здание официально передали Барнаульской епархии. С 2009 года в Архиерейском доме размещаются экспозиции музея истории Алтайской духовной миссии, а в мезонине воссоздана домовая церковь.