Богоявленская церковь, построенная в 1687-1695 годах, представляет собой храм трапезного типа. К высокому двусветному кубу примыкает апсида с тремя полукружиями, а также двустолпная трапезная с приделом 1691 года во имя Владимирской Богоматери, паперть с жилой палатой и колокольней. Храм с апсидой и трапезной соединен трехарочными проемами. Рядом расположена часовня Святых Апостолов Петра и Павла. Колокольня выполнена в стиле "восьмерик на четверике" с шатровым завершением и неоднократно перестраивалась. В XVIII веке солепромышленник М. Суровцев, чья усадьба находилась рядом, выделял средства на её реконструкцию. Фасады храма украшены закомарами, наличниками окон в виде килевидных кокошников, многоступенчатыми порталами и карнизами, выполненными из лекального кирпича. Декор фасадов дополнен многоцветными изразцами на колокольне, кубе и барабанах. Особенностью Богоявленской церкви является обилие рельефных изразцов с изображениями пеликанов, павлинов и индюков.

Церковь уникальна тем, что в ней сохранился резной деревянный иконостас с иконами строгановской живописи XVIII-XIX веков. В иконостасе было около 75 икон, большинство из которых сохранились и были отреставрированы. Место для строительства церкви было выбрано ещё при основании города, где ранее стоял деревянный храм во имя святого Климента IV. В 1635 году деревянная церковь сгорела, но была быстро восстановлена. После пожара 1673 года было решено построить каменный храм, который заложили в 1687 году. Придел во имя иконы Владимирской Божьей матери освятили в 1691 году, а главный храм Богоявления, в 1695 году. В 1770 году появился придел святых Антония и Феодосия Печёрских. Первоначальная колокольня была невысокой, но во второй половине XVIII века её надстроили на средства М. Суровцева, чтобы установить часы. Из-за недостаточной прочности фундамента колокольня осела, и в 1938 году её разобрали. На колокольне размещались 16 колоколов, общий вес которых составлял 729 пудов 22 фунта. После закрытия церкви в 1930-х годах колокола были сброшены и отправлены на переплавку. Сохранились лишь два фрагмента с надписью мастеров Якова и Ивана Лодыгиных.

Иконостас был изготовлен во второй половине XVIII века, но в него включили иконы из старого иконостаса XVII века. Главной реликвией церкви является складень с образом Николая Чудотворца, подаренный Иоанном Грозным в 1552 году. В разные времена икона находилась то в летнем Троицком соборе, то в зимнем Крестовоздвиженском. Приход был ликвидирован в 1934 году, а здание передано музею. Во время Великой Отечественной войны церковь вернули Русской православной церкви, и она оставалась действующей до 1962 года. В 1944 году восстановили шатёр колокольни по проекту архитектора Ф.М. Тольцинера, взяв за образец шатёр Преображенской церкви. Восстановление было выполнено в деревянном исполнении. Впоследствии колокольне вернули первоначальный вид, а церковь вновь передали краеведческому музею.

С 1989 года в Богоявленской церкви находится филиал Соликамского краеведческого музея "Музей древнерусского искусства", где представлены коллекция иконописи и отреставрированный иконостас. В 2005 году церковь была реставрирована, однако спонсор настоял на установке золотых глав, которые выделяются на фоне зелёных куполов других церквей. Также были заменены кресты на "финские нержавеющие". Церковь является памятником истории и архитектуры федерального значения.