В 1710 году было выдано разрешение на строительство каменного Богоявленского храма с приделом Николая Чудотворца, благодаря которому церковь чаще называют Никольской. Ранее на этом месте находилась деревянная Никольская церковь, известная с 1653 года, но она сгорела 9 мая 1709 года. Храм был заказан нерехтским купцом Федором Зиминым Младшим, а его строительство заняло 15 лет. Никольский придел освятили в 1717 году, а основной храм, в 1725 году. В 1767 году церковь расписали ярославские мастера братья Шустовы. В первой половине XIX века старая трапезная была заменена на более просторную с обновленным приделом Николая Чудотворца и Всех Святых, а также с симметричным северным приделом, освященным в честь Петра и Павла. Позже трапезную расширили к западу двумя объемами по сторонам первоначальной колокольни, где разместились ризница и библиотека. Перед колокольней построили четырехколонный портик, а церковную территорию обнесли металлической оградой на каменных столбах. На боковых фасадах четверика расположены три высоких прямоугольных окна второго света, обрамленные наличниками, характерными для костромского зодчества XVII века, с трехлопастными килевидными кокошниками. В 1867 году в храме обновили живопись.

В 1930-е годы церковь лишилась глав, был разобран алтарь и верхние ярусы колокольни, а ограда снесена. В 1980-е годы храм был отреставрирован по проекту архитектора Костромской Специальной научно-реставрационной производственной мастерской А. П. Чернова: восстановили утраченные главы, верх колокольни, алтарные апсиды и ограду, воссозданную по проекту архитектора Центральной научно-реставрационной производственной мастерской С. В. Демидова. В 1987 году в церковь перевезли иконостас из села Верховье Солигаличекого района.