Храм Богоявления Господня, самый древний в Лукиановой пустыни, строительство которого началось в 1680 году по инициативе преподобного Корнилия. Его двуглавый объём и вытянутая по продольной оси двухстолпная трапезная представляют собой уникальные образцы русской храмовой архитектуры конца XVII века. В архитектурном стиле храм и трапезная напоминают постройки Успенского монастыря в Александрове, возведённого по царскому заказу. Храм можно считать примером столичной архитектуры времени царя Фёдора Алексеевича Романова. Четверик и трапезная, возведённая каменщиками И. Константиновым и И. Семёновым, образуют единый двухэтажный объём, вытянутый в длину, с востока заканчивающийся двумя гранёными апсидами: более крупной с южной стороны и меньшей, придельной, с северной. Над восточной частью возвышается общий для основного и придельного храмов четверик, вытянутый в поперечном направлении и завершающийся двумя главками на круглых глухих барабанах. С запада видна шатровая колокольня с восьмигранным ярусом звона на квадратном основании и двумя ярусами слухов в шатре. На колокольне установлены пять колоколов XIX-XX веков. Перед колокольней находится белокаменное крыльцо с четырёхгранным шатром на четырёх столбах, напоминающее иллюстрации из русских народных сказок. Оно было пристроено позже и украшено скромным эклектичным декором с арками и висячими "гирьками", что соответствует моде того времени. Помещения Богоявленского храма на двух этажах просторные, в то время как придел Феодора Стратилата имеет небольшие размеры и маленькую апсиду. Приделы храма и апсиды перекрыты коробовыми сводами, а апсида придела, гранёной конхой. Помещения по сторонам колокольни имеют лотковые своды. В настоящее время Богоявленский храм, единственная действующая церковь в обители. От большой каменной паперти с колоннами и сводом, увенчанным крестом, крутая лестница ведёт к входу в храм. Стены лестничного пролёта расписаны в 2012 году иконописцем Н. Бердниковым. Внутри храма всё просто, без излишеств, стены не расписаны. Небольшие окна и высокие сводчатые потолки создают мягкое, приглушённое освещение даже в солнечные дни. В центральном приделе Богоявления Господня службы проводятся по праздникам и воскресеньям. В алтаре придела хранится большая часть мощей преподобного Корнилия в латунном мощевике. На стене алтаря находится икона Рождества Пресвятой Богородицы, которая до 1994 года хранилась у верующих деревни Исаевки. Место для братии монастыря отделено от трапезной части храма небольшим возвышением, где располагается клирос, место игумена и устанавливается праздничная икона. Здесь также находится трёхъярусное латунное свечное паникадило на 32 свечи. В трапезной части придела на западной стороне второго столпа размещена большая икона Рождества Пресвятой Богородицы, написанная в 1998 году на основе информации об утраченном чудотворном образе. У южной стены трапезной части храма, справа от входа, в деревянном резном киоте хранится главный почитаемый в обители образ Рождества Пресвятой Богородицы XIX века, найденный в Успенском монастыре в 1990-х годах. Северный придел, освящённый во имя Феодора Стратилата, используется для проведения служб в течение недели. Иконостас придела трёхъярусный, выполненный в тёмно-зелёных тонах. Среди местных икон, Господь Вседержитель и Божия Матерь "Смоленская". На северной стороне второго от входа столпа находится икона Божией Матери "Неувядаемый Цвет" XVIII века. Эта часть храма также используется для проведения таинства крещения и великого освящения воды в праздник Богоявления.