Село Кадомцево, расположенное в 18 верстах от Уфы, известно с начала XVII века. В 1621-1622 годах крестьянин Стефан нашёл здесь икону Казанской Божией Матери, после чего забил святой источник, который не иссякает уже почти 400 лет. Икону перенесли в Ильинскую церковь, а рядом построили деревянную Казанско-Богородскую церковь. Эта икона, одна из четырёх чудотворных в Уфимской земле, неоднократно спасала город и село Богородское от врагов, особенно известен случай спасения от Сеитовского бунта в 1670-х годах. Почитание иконы было настолько велико, что между 1688 и 1707 годами её перенесли в Смоленский собор Уфы для поклонения, оставив в селе точную копию. Ежегодно устраивались крестные ходы к месту её обретения.

В 1841 году, после постройки Воскресенского кафедрального собора, икону перенесли туда, и крестные ходы в село Богородское стали проводить из нового собора 8 июля. В 1725-1727 годах на месте старой деревянной церкви построили новый деревянный храм с Никольским приделом, а в 1773 году обновили Ильинскую церковь. Однако обе церкви сгорели 9 мая 1873 года.

На месте сгоревшего храма подрядчик С.М. Ларионов построил новый кирпичный Казанско-Богородский храм, который освятили в 1877 году. Храм был выполнен в стиле эклектики с элементами московского барокко XVII века, а иконостасы изготовлены в мастерской Ф.А. Королёва. В 1901 году над родником построили кирпичную часовню, и, по некоторым данным, церкви принадлежали ещё две каменные часовни, возведённые в 1900-е годы. Крестные ходы с иконой продолжались почти сто лет, охватывая сёла и деревни Уфимского и Бирского уездов. Одним из последних настоятелей в 1920-е годы был новомученик о. Алексей Кулясов Горшунов.

В начале 1930-х годов село Богородское стало частью Уфы и получило название «Моторное», позже заменённое на «Инорс». В 1933 году церковь закрыли, лишив её пятиглавия и колокольни. Здание использовали как школу для умственно-отсталых детей, а святой источник залили бетоном и превратили в свалку. Чудотворная икона Казанской Божией Матери исчезла. В августе 1990 года, благодаря вмешательству Б.Н. Ельцина, здание вернули православной церкви. В 1990-1997 годах прошла первая реставрация, а в 2007-2010 годах, вторая.