Теплая церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, двухэтажная, была заложена в 1677 году и завершена в 1680 году, когда её освятил игумен Митрофан, который позже стал Святителем Воронежским. В трапезной этой церкви в 1833 году были освящены три престола: в честь Святителя и Чудотворца Митрофана, Преображения Господня и Преподобного Михаила Малеина. Последний престол был создан в память о царе Михаиле Феодоровиче, который особенно почитал Преподобного Макария Унженского, покровительствовал монастырю и дважды его посещал.

В 1919 году новые власти изгнали монастырскую братию. С 1929 года храмы были закрыты, а монастырская ограда разобрана для строительства общественной бани на его территории.

В 1993 году монастырь возродился как женский. В 1994 году был освящен Макарьевский храм, а в следующем году в обитель вернулись мощи преподобного Макария. Восстановились молитвы и богослужения. В 2016 году, по указу Священного Синода, монастырь был преобразован в мужской.