Церковь была возведена на городском кладбище благодаря финансированию одного из крупнейших предпринимателей Олонецкой губернии конца XIX и начала XX века, купца первой гильдии из Пудожа Николая Александровича Базегского.

Закладка храма состоялась 7 мая 1902 года. Строительство велось из кирпича, произведенного на небольшом заводе, принадлежащем Н.А. Базегскому. В начале 1903 года работы были завершены, и церковь освятили. Постройка выполнена в русском стиле, характерном для провинциальных городов начала XX века. Церковь имеет прямоугольную храмовую часть с притвором и более узкий трехстенный алтарь. Крыша храма украшена пятью луковичными главами на высоких восьмигранных барабанах.

В 1906 году рядом с церковью была построена и освящена каменная четырехъярусная колокольня, также на средства Н.А. Базегского. Три нижних яруса квадратные, а верхний, открытый ярус звона, восьмигранный. Колокольня завершалась большой луковичной главой. Фасады церкви и колокольни оформлены в русском стиле. Храмовый комплекс стал важным элементом градостроительства в исторической части Пудожа. За строительство церкви Н.А. Базегский получил орден Св. Анны 3-й степени, а за колокольню, орден Св. Анны 2-й степени.

В начале 1930-х годов церковь Александра Невского закрыли и использовали как мастерские и склад Пудожской МТС, а в 1939 году, как Дом обороны. Во время Великой Отечественной войны здесь была хлебопекарня, затем склад «Заготзерна». В начале 1960-х годов здание стало молокозаводом. В связи с этим с церкви и колокольни сняли купола, разобрали верхний ярус колокольни, заложили несколько окон и пристроили дополнительные помещения, закрывающие нижние ярусы колокольни и фасады церкви. Интерьеры были сильно изменены из-за оборудования молокозавода, и храм утратил свою архитектурную значимость.

В начале 2000-х годов храмовый комплекс передали Русской Православной Церкви, и началось его восстановление для подворья Муромского монастыря. Из-за многочисленных перестроек потребовалось провести значительные работы по восстановлению. На сегодняшний день усилиями прихода над храмовой частью установлена глава, заменены окна и двери, завершается внутреннее обустройство, установлены хоры и иконостас, восстанавливается колокольня, подводятся инженерные коммуникации. В переходе между церковью и колокольней идет ремонт помещения для вечерней школы. Хотя работы еще не завершены, церковь уже функционирует и в ней проводятся службы. Храм Александра Невского вновь стал православным центром старинного города Пудожа.