Шуйское духовное училище с 1880 года находилось в двухэтажных зданиях на улице Советской. В 1884 году на средства фабриканта Василия Киприановича Рубачева, потомственного почетного гражданина Шуи, была построена церковь. Она располагалась во дворе, примыкая к северному торцу здания училища. Ранее на красной линии улицы стояла невысокая трехъярусная каменная колокольня, возведенная в 1895 году купцом Ф.И. Гундобиным. В 1901 году к церкви был пристроен придел Федора Трихины.

Архитектура здания отражает стиль эклектики с элементами классицизма и русского стиля. Небольшая церковь Александра Невского имеет компактную объемную композицию. К поперечно ориентированному четверику, фасады которого завершаются треугольными фронтонами, примыкают более узкий западный притвор и пятигранная апсида. Вторая, чуть ниже расположенная апсида, относится к южному приделу Федора Трихины, соединяющему храм с учебным корпусом. Фасад украшен высоким профилированным цоколем, угловыми лопатками, филенками на основном четверике и гладкими элементами в других частях, а также профилированным карнизом с зубчиками. Крупные арочные окна обрамлены массивными наличниками с щипцовидным верхом. Вход на северном фасаде притвора выделен ажурным металлическим зонтом. В 1912 году библиотека духовного училища насчитывала около 7200 книг. Колокольня и завершение храма, как и внутреннее убранство, не сохранились, а в помещении церкви располагался спортивный зал. До революции церковь была бесприходной.

В конце 1990-х годов храм был передан верующим и стал подворьем Николо-Шартомского монастыря, находясь на территории Шуйского Государственного Педагогического университета.