С восточной стороны собора располагался фамильный некрополь князей Пожарских и Хованских. В 1642 году здесь был похоронен князь Дмитрий Пожарский, известный герой борьбы с польско-литовскими войсками. В XVII веке в некрополе возвели часовню-усыпальницу, которая стала местом захоронения родителей. В XVIII веке, после указа Екатерины II о секуляризации монастырских земель, некрополь был разрушен разгневанными монахами, а часть надгробных плит использовали как строительный материал. Тогда же была уничтожена и часовня. Имя князя Д.М. Пожарского вспомнили лишь после Отечественной войны 1812 года.

В 1818 году на Красной площади был открыт памятник Минину и Пожарскому, и была создана специальная комиссия для поиска останков князя. В 1852 году историк и археолог граф А.С. Уваров обнаружил захоронение Пожарских в Спасо-Евфимиевом монастыре. В 1885 году по проекту архитектора Горностаева была построена новая усыпальница, мавзолей Пожарских. В 1933 году усыпальницу разобрали, а часть плит из каррарского мрамора отправили в Москву. Почти все иконы и внутреннее убранство были утрачены. Лишь в 1974 году на этом месте установили плоскую плиту с барельефом Д.М. Пожарского.

В 2008 году раскопки в монастыре возобновились. Советскую бетонную плиту сняли и передали детской школе-интернату Кадетского корпуса им. Д.М. Пожарского в городе Радужный Владимирской области. Мавзолей Пожарских был восстановлен по обмерам, чертежам и фотографиям, сохранившимся в архивах. Резной декор фасадных стен был воссоздан в полном объеме по архивным рисункам. Бронзовая дверь с барельефом и горельефом изготовлены в мастерских Российской академии художеств. На главном фасаде установлена копия мозаичной иконы Спаса Вседержителя. Новый мавзолей разместили немного дальше от апсид собора, чем прежняя усыпальница.