Православный епископ Стефан Пермский, живший в 14 веке, является одним из самых почитаемых местных святых и первым епископом Пермской епархии. В 1880 году было принято решение построить в Перми часовню в его честь. Инициатором строительства выступил пермский протоиерей Евгений, а проект разработал городской архитектор Василий Васильевич Попатенко, который лично руководил строительством. Работы начались в 1882 году, и уже в 1887 году часовня была освящена. Здание, выполненное в русском стиле, имело овальные окна, гармонично вписывающиеся в его скромный облик.

Рядом с часовней решили построить первую в городе церковно-приходскую школу, соединённую с ней общей стеной. Строительство школы завершилось быстро, и вскоре к ней добавили пристрой, помещение для школы псаломщиков и библиотеку-читальню с открытым доступом. Также при часовне было создано общество, занимавшееся исследованием церковной археологии и выпуском местного церковно-краеведческого журнала. Однако с приходом большевиков часовня и школа были закрыты.

При советской власти здание было перестроено под коммунистический университет. В последующие десятилетия в бывшем здании часовни размещались различные учреждения, и лишь в 1996 году оно было возвращено верующим. В 2013 году завершилась реставрация, вернувшая зданию его исторический облик. Сейчас часовня действует, и в ней проводятся богослужения.