L'évêque orthodoxe Stéphane de Perm, ayant vécu au 14ème siècle, est l'un des saints locaux les plus vénérés et le premier évêque du diocèse de Perm. En 1880, il a été décidé de construire une chapelle en son honneur à Perm. L'initiateur de la construction était le protodiacre permien Evgueni, et le projet a été élaboré par l'architecte municipal Vassili Vassilievitch Popatenko, qui a personnellement dirigé les travaux. Les travaux ont commencé en 1882, et déjà en 1887, la chapelle a été consacrée. Le bâtiment, réalisé dans le style russe, avait des fenêtres ovales, s'intégrant harmonieusement dans son aspect modeste.

À côté de la chapelle, il a été décidé de construire la première école paroissiale de la ville, reliée à elle par un mur commun. La construction de l'école s'est achevée rapidement, et bientôt un ajout a été fait, comprenant des locaux pour l'école des psalmistes et une bibliothèque-lecture avec accès libre. Un organisme a également été créé auprès de la chapelle, se consacrant à l'étude de l'archéologie ecclésiastique et à la publication d'un journal local sur l'histoire de l'église. Cependant, avec l'arrivée des bolcheviks, la chapelle et l'école ont été fermées.

Sous le régime soviétique, le bâtiment a été réaménagé en université communiste. Au cours des décennies suivantes, divers établissements ont occupé l'ancien bâtiment de la chapelle, et ce n'est qu'en 1996 qu'il a été restitué aux croyants. En 2013, la restauration a été achevée, restituant au bâtiment son apparence historique. La chapelle est maintenant en activité et des services religieux y sont célébrés.