В 1863 году генерал-губернатор А. Дюгамель обратился в Святейший Синод с просьбой разрешить строительство часовни в Омске, чтобы избавиться от неурожая. Проект был представлен, и часовню построили в 1867 году в центре города, на территории базара, на Любинском проспекте (ныне улица Ленина). Финансирование строительства обеспечил купец Федор Курганский.

В 1902 году к часовне добавили деревянный тамбур. В конце XIX века рядом с ней появился магазин М.А. Шаниной, а позже трансформаторная будка, что создало неудобства. В связи с этим Степной генерал-губернатор решил построить новую часовню. Были разработаны проект и собраны средства. Место выбрали на углу Музейной улицы и Чернавинского проспекта, напротив Первой женской гимназии. Омская Городская Дума выделила земельный участок для часовни в августе 1916 года, но перенос так и не состоялся.

Часовня была приписана к Успенскому собору, где хранилась Иверская икона Божией Матери. Молебны перед ней проводились трижды в неделю. По некоторым данным, после революции икону перенесли в Крестовоздвиженский собор.

После революции часовню снесли, и в 1936 году на её месте построили фотоателье.

В 1996-1997 годах часовню вновь построили по проекту М.М. Хахаева. Новое здание значительно отличается от оригинала. Иверская часовня имела в плане неравносторонний восьмерик с двумя типами размеров и завершалась низким восьмигранным шатром с луковкой на высокой шейке, украшенной кокошниками и слуховыми окошками. Окна имели килевидные наличники, а узкие грани были украшены большими крестами, выполненными кладкой, и фризом из полуциркульных арочек. Воссозданная часовня представляет собой небольшой храм с пятигранным алтарем и притвором из красного неоштукатуренного кирпича в русском стиле.