Существует легенда, что в Братонеже жил когда-то богатый крестьянин, у которого было четверо сыновей: Митрофан, Степан, Федот, Харитон и дочь Надежда. Каждому из них он подарил по деревне, назвав их в честь своих детей. Так появились деревни Митрофаниха, Степаново, Федотово, Харитоново, которые существуют и сегодня, а деревня Надино находилась недалеко от Харитонова. Деревню на озере крестьянин оставил общей, назвав её Братомеж, но позже буква "м" была заменена на "н".

Братонеж впервые упоминается в XIII веке. Когда монголо-татарское войско двигалось по реке Клязьме на Владимир, после битвы с Евпатием Коловратом они разорили Осовец и соседний Братонеж. После этого события название деревни исчезает из источников на долгие годы. Лишь в писцовой книге 1797 года упоминается: "Сельцо Братонеж расположено у озера Братонежского, из которого вытекает ручей, соединяясь с другим, образует реку Мытну. Крестьяне промысла не имеют, живут на оброке. Сельцо принадлежит госпоже подпоручице Марье Петровне Григорьевой. В нём 5 крестьянских дворов и 27 жителей: 15 мужчин и 12 женщин".

В конце XIX, начале XX века деревня входила в состав Копнинской волости Покровского уезда, а с 1926 года, в состав Болдинской волости Владимирского уезда. В 1926 году в Братонеже насчитывалось 42 крестьянских двора. История умалчивает, была ли до 1917 года в деревне часовня. Лишь в начале 2000-х местные жители решили построить часовню в честь святого великомученика Иоанна Сочавского, жившего в XIV веке в Трапезунде и занимавшегося торговлей. Вскоре рядом с памятником погибшим в Великой Отечественной войне появилась небольшая часовня, посвящённая этому святому, покровителю торговли. Это деревянная одноглавая часовня, четверик под крутой двускатной крышей, с крыльцом на двух столбах, увенчанным небольшим шатром-колоколенкой.