Es gibt eine Legende, dass in Bratonje einst ein reicher Bauer lebte, der vier Söhne hatte: Mitrophan, Stepan, Fedot, Chariton und eine Tochter, Nadeschda. Jedem von ihnen schenkte er ein Dorf und benannte sie nach seinen Kindern. So entstanden die Dörfer Mitrophanicha, Stepanovo, Fedotovo, Charitonovo, die bis heute existieren, während das Dorf Nadino in der Nähe von Charitonovo lag. Das Dorf am See ließ der Bauer gemeinsam, nannte es Bratomesch, aber später wurde der Buchstabe „m“ durch „n“ ersetzt.

Bratonje wird erstmals im 13. Jahrhundert erwähnt. Als die mongolisch-tatarische Armee den Fluss Kljazma in Richtung Wladimir befuhr, verwüsteten sie nach der Schlacht mit Jewpatij Kolowrat Osovets und das benachbarte Bratonje. Nach diesem Ereignis verschwand der Name des Dorfes für viele Jahre aus den Quellen. Erst im Katasterbuch von 1797 wird erwähnt: „Das Dorf Bratonje liegt am Bratonje-See, aus dem ein Bach fließt, der sich mit einem anderen verbindet und den Fluss Mytnu bildet. Die Bauern haben kein Gewerbe und leben von Abgaben. Das Dorf gehört der Frau Unterlieutenant Maria Petrowna Grigorjewa. Es gibt 5 Bauernhöfe und 27 Einwohner: 15 Männer und 12 Frauen.“

Ende des 19., Anfang des 20. Jahrhunderts gehörte das Dorf zur Kopninskaja Gemeinde des Pokrowskij Kreises, und seit 1926 zur Boldinskaja Gemeinde des Wladimirer Kreises. Im Jahr 1926 gab es in Bratonje 42 Bauernhöfe. Die Geschichte schweigt darüber, ob bis 1917 im Dorf eine Kapelle existierte. Erst zu Beginn der 2000er Jahre beschlossen die Einheimischen, eine Kapelle zu Ehren des heiligen Märtyrers Johannes von Sochaw, der im 14. Jahrhundert in Trapezunt lebte und im Handel tätig war, zu bauen. Bald entstand neben dem Denkmal für die Gefallenen im Großen Vaterländischen Krieg eine kleine Kapelle, die diesem Heiligen, dem Schutzpatron des Handels, gewidmet ist. Es handelt sich um eine hölzerne einschiffige Kapelle mit einem quadratischen Grundriss unter einem steilen Satteldach, mit einem Vorbau auf zwei Säulen, gekrönt von einem kleinen Glockenturm.