В 1826 году в селе Бетьках Мензелинского уезда была создана община келейниц-черничек. Через шесть лет она значительно увеличилась, и старшая сестра Стефанида Бычкова, ставшая в монашестве игуменьей Филаретой, обратилась к епископу Аркадию Фёдорову с просьбой о покровительстве и ходатайстве перед Святейшим Синодом о преобразовании общины в монастырь, который предполагалось разместить в Уфе. Благословение было получено от игумена Филарета из Глинской пустыни, который составил устав общины. В 1833 году Синод издал указ, требующий представить предложения о способах существования будущего монастыря. Стефанида Степанова, жившая в то время в Уфе, купила несколько домов на Усольской улице, где планировалось построить обитель, предоставив на это 3480 рублей.

В 1838 году по ходатайству игуменьи Филареты и представлению преосвященного Иоанникия община была переименована в Благовещенский женский монастырь. Монастырь разместился на месте старого Успенского мужского монастыря в Уфе, существовавшего с 1595 по 1764 годы. С момента открытия монастырь получал пособие от казны в размере 300 рублей и 150 десятин луговой земли за рекой Уфимкой. Яков Павлович Барсов подарил монастырю 400 десятин земли и мельницу на реке Бири.

Монастырь управлялся игуменьей и не был штатным. Живущие здесь женщины не подвергались обряду пострижения, но должны были подчиняться решениям настоятельницы. Жизнь в монастыре включала ежедневные молитвы и отчуждение от внешнего мира. Первоначально монастырь состоял из деревянного двухэтажного дома, гостиницы и других служебных помещений. С увеличением числа сестёр росло и благосостояние обители.

Монастырь был окружён каменной стеной с четырьмя башнями, каждая из которых имела конусообразное навершие. Общая длина стен составляла около 800 метров. Главные ворота находились со стороны улицы Усольской, а восточные, под каменной аркой. Южные ворота выходили на реку Белую. Монастырь имел форму треугольника со срезанным углом, с северной стороны его ограничивала улица Усольская, а с южной, набережная реки Белой.

Изначально монастырю принадлежала старая деревянная церковь с колокольней, происхождение и местоположение которой неизвестны. В 1850-1852 годах была построена первая каменная церковь во имя святого князя Александра Невского. В 1850 году началось строительство летней соборной церкви в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, которая была освящена в 1867 году. В 1897 году была освящена третья кирпичная церковь в честь Иверской иконы Божией Матери.

Монастырь обладал ценными предметами утвари, включая серебряный крест и Евангелие 1763 года. На территории находилось более 20 различных корпусов, включая свечной завод, мастерские и хозяйственные постройки. Монастырю принадлежали восемь домов в Уфе, в том числе большое кирпичное здание на углу Успенской и Александровской улиц.

К началу ХХ века в монастыре проживало до 600 сестер. Обитель занималась благотворительностью, открывая училища и столовые для неимущих. В первые годы советской власти монастырь был закрыт, а игуменья Клавдия расстреляна. В 1922 году церковные ценности были конфискованы. В 1929 году монастырские церкви были закрыты, а в 1936 году в зданиях монастыря разместился аптечный склад. Впоследствии здесь находились больница, морг и другие учреждения.

К настоящему времени из 30 построек монастыря сохранились три: здание Иверской и Александро-Невской церквей, сестринский корпус и монастырская школа. Все они требуют реставрации для восстановления исторического облика монастыря.