История Благовещенского женского монастыря берет начало в 1826 году, когда в селе Бетьки Мензелинского уезда была создана община келейниц-черничек. Спустя шесть лет община значительно выросла, и старшая сестра Стефанида Степанова, которая позже стала первой настоятельницей монастыря под именем игумении Филареты, обратилась к Епископу Аркадию Федорову с просьбой ходатайствовать перед Святейшим Синодом о преобразовании общины в монастырь с местонахождением в Уфе. В 1833 году Синод издал указ, в котором требовалось предоставить предложения о способах существования будущего монастыря. Стефанида Степанова, уже проживая с сестрами в Уфе, приобрела несколько домов на Усольской улице для строительства обители.

В 1838 году Святейший Синод одобрил открытие в Уфе Благовещенского трехклассного женского монастыря. В 1845 году монастырю выделили 150 десятин луговой земли за рекой Уфимской, а также 400 десятин, подаренных Яковом Барсовым около деревни Глумилиной. Кроме того, монастырь получил в дар мельницу на реке Бирь недалеко от города Бирска. В состав монастыря входили церковь Александра Невского 1852 года, церковь в честь Благовещения Богородицы 1850 года и церковь в честь чудотворной иконы Иверской Божией Матери 1897 года. Обитель была окружена каменными стенами с башнями на углах.

В начале ХХ века в монастыре проживало около полутора тысяч сестер. В 1868 году было открыто училище для неимущих девиц духовного звания, которые находились на полном содержании монастыря. В 1892 году для неимущих женщин из старой части Уфы и Золотухинской слободы была организована бесплатная столовая.

С приходом советской власти Благовещенский женский монастырь был закрыт, его ценности конфискованы, а здания использовались под аптечные склады, поликлинику и бани. В 1930 году был снесен пятиглавый Благовещенский храм.

Монастырь был вновь открыт в Уфе 27 сентября 1995 года по ходатайству епископа Уфимского и Стерлитамакского и утвержден Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. В марте 1998 года монастырь был перенесен в Стерлитамак на территорию Никольского кафедрального собора. В настоящее время Свято-Никольский кафедральный собор является частью Благовещенского женского монастыря, на территории которого находятся храм святого великомученика Феодора Стратилата и малый крестильный храм.